Респа 2021, Интроны


Можете обьяснить, пожалуйста!

2 симпатии

Вот схемы для двух видов аутосплайсинга:
image
Интересно то, что если в этом процессе участвует сплайсосома, реакция похожа на 2 тип:


По результатам на геле видно, что только один вид интронов требовал ядерный экстракт, а в нем как раз и содержатся сплайсосомы. Как же теперь распределить два остальных?
Даже если у РНК одинаковая длина, в зависимости от своей конформации она может по разному проходить через гель - это мы и видим здесь. В одном случае образуется структура в виде лассо, в другом - линейная РНК. Так как в случае действия сплайсосомы и работы аутосплайсинга 2-го типа образуются похожие фрагменты, они и в геле будут двигаться одинаково.

5 симпатий

А как здесь играет роль структура РНК? Есть ли закономерность того, что лассо движется медленнее ? То есть, в задаче РНК по структуре лассо движется медленнее. Почему так?

Похожую картину можно наблюдать при работе с плазмидными векторами. Если одновременно запустить в гель кольцевую молекулу ДНК и разрезанную по одному сайту, то можно увидеть примерно такую картину:
image
Тут даже чуть больше разнообразия: релаксированная плазмида (в ней скорее всего есть однонитевой разрыв), разрезанная плазмида, суперскрученная плазмида. Их положение на геле зависит от того, как они сопротивляются движению по агарозному гелю.
image
Можно оценить их компактность, но предсказывать лучше ничего не стоит. В этом задании говорится далеко не про стандартную форму РНК, так что я делал все выводы только на сравнении и имеющихся данных.

5 симпатий