«Over the past 16.5 million years or so, this hotspot has generated a succession of explosive eruptions and less violent floods of basaltic lava.»
При этом последние крупные извержения были связаны с риолитовой лавой. Почему Йеллоустоунская горячая точка имеет в магматической камере лаву в основном риолитового состава, ведь для горячих точек обычно характерна лава базальтого состава(Гавайская, Афарская). Связано ли это с плавлением континентальной коры?

Да.
Помни то, что на образование риолитовой лавы влияет большое количество процессов, и нахождение вулкана на рифтовой зоне/горячей точке не гарантирует извержение щелочной лавы. Например магматическое дифференцирование (в особенности связанные с долгим прохождением через континентальную кору), partial melting (который происходит несколько раз по мере прохождения плюма через кору, чем толще и чем кислотнее геологические слои (например, он может проходить через слой богатый кварцем) тем гранитнее магма из-за меньшего температурного потенциала (по серии реакций Боуэна кварц и ортоклаз плавятся при меньших температурах и в последствии отдают больше силикатов).
Заметь, что на картинке магма так же реагирует с поверхностными водами, что может иметь большое количество различных последствий на ее дальнейшее развитие. Одни из них - повышение волатильности и понижение температуры (что приводит к еще большему содержанию силикатов). Так же в таких зонах обычно располагается большое количество магмовых плюмов различного этапа развития которые нередко могут смешиваться между собой.
При этом тип вулкана не часто имеет прямое отношение с типом извержения (от чего the usage of the term “supervolcano” should be discouraged).