При изучении химии/биологии по учебникам очень легко попасть в ментальную ловушку, в которой жизненные процессы воспринимаются статическими картинками с бинарными переходами: было → стало.
В реальности все находится в постоянном движении. Даже если никаких химических реакций не происходит. В качестве иллюстрации прикладываю Molecular Dynamics simulation комплекса 3HTB (check on pdb)
не поверишь, я изначально написал что хлор зеленый, но поскольку я уже собирался спать думаю “ну давай перепроверю на всякий, вдруг еще ошибусь, зашкварюсь”. Оказывается по умолчанию pyMOL рисует сферы с ван дер Ваальсовым радиусом вне зависимости от заряда частицы
