Не говорю, что так переформулировать задачу нельзя, но мне кажется не стоит лезть в эти дебри) Как минимум потому, что в таком случае получается почти идентичная задача. Проблема в том, что деля все на пары, ты упускал некоторые комбинации, например:
AGGTGATGGA…
Если поделить все на пары, то получатся [‘AG’, ‘GT’, ‘GA’, ‘TG’, ‘GA’]. Здесь нигде нет ‘GG’, но во всей последовательности она все равно встречается.