именно
в биологических реакциях депротонирование (или протонирование) происходит исключительно аминокислотами в активном центре. Свободно плавающих оснований, как правило, нет. Поэтому та молекула, что ближе к нужным группам в активном центре – та и будет депротонироваться.
В биологии реакции протекают так, как это нужно жизни. А контролируют это ферменты.