Поиск конформеров
В очень редких случаях, Avogadro может искать конформации молекул. Проверенно работает для двух молекул: бутана и этилциклогексана. Давайте построим бутан и оптимизируем его структуру (MMF94). Не забываем нажать Stop в Optimization Tool.
Дальше идем в Extensions > Molecular Mechanics > Conformer Search…
И убеждаемся, что number of rotatable bonds равно 1 (очень часто оно равно нулю, даже если такие связи есть. В таком случае Авогадро просто не может искать конформеры). Выставляем параметры как на скрине и жмем ОК.
По завершению идем в View > Properties > Conformer Properties
И отсортировав значения по энергии видим, что Авогадро находит два конформера:
Нажимая на значения энергии конформеров мы получаем структуры, которые им соответствуют. А еще это тот самый редкий случай, когда значение энергии имеет небольшой смысл: мы узнаем какая конформация стабильнее.
